Πλένουμε και καθαρίζουμε τα κολοκυθάκια. Κόβουμε ένα κομμάτι οριζόντια από την μεριά που είναι το κοτσάνι και με τη βοήθεια ενός κουταλιού ή ειδικού εργαλείου αδειάζουμε το εσωτερικό τους. Δεν το πετάμε μπορούμε να το χρησιμοποιήσουμε σε άλλες παρασκευές.

Αλατίζουμε τα κολοκυθάκια στο εσωτερικό και τα γυρίζουμε ανάποδα μέσα σε σουρωτήρι μέχρι να ετοιμάσουμε τη γέμιση.

Κόβουμε με κοφτερό μαχαίρι το φιλέτο της πέρκας σε πολύ μικρά κομμάτια.

Καθαρίζουμε και κόβουμε το κρεμμύδι. Σε τηγάνι βάζουμε λίγο από το ελαιόλαδο και σοτάρουμε το κρεμμύδι. Συνεχίζουμε με την πέρκα σοτάροντας μέχρι να αλλάξει χρώμα. Σβήνουμε με λίγο κρασί ή ρακί.

Προσθέτουμε το πλιγούρι και τα μυριστικά ανακατεύουμε καλά και νοστιμίζουμε με τα μπαχαρικά.

Ανακατεύουμε καλά και αποσύρουμε από την εστία. Γεμίζουμε τα κολοκυθάκια και τα τοποθετούμε σε κατσαρόλα.

Τα σκεπάζουμε με τα κομμάτια που είχαμε κόψει και περιχύνουμε με λίγο έξτρα παρθένο ελαιόλαδο και ζεστό νερό. Βράζουμε σε μέτρια ένταση για 40 -45 λεπτά, φροντίζοντας να μείνει αρκετή σάλτσα.

Σερβίρουμε τα κολοκυθάκια σε πιάτα και δένουμε τη σάλτσα με το λεμόνι και το αλεύρι. Περιχύνουμε με αυτή τη σάλτσα τα κολοκυθάκια.