Πλένουμε τις πιπεριές και τις κόβουμε στη μέση αφαιρώντας τα σπόρια τους. Τις βάζουμε σε ταψί στρωμένο με χαρτί ψησίματος με τη φλούδα τους προς τα κάτω. Αλατίζουμε ελαφρά και ραντίζουμε με ελαιόλαδο. Σκεπάζουμε με αλουμινόχαρτο ή βρεγμένη λαδόκολλα.

Τοποθετούμε το ταψί σε προθερμασμένο φούρνο στους 200 βαθμούς και αέρα και ψήνουμε για 30 λεπτά. Ξεσκεπάζουμε και ψήνουμε ακόμη 5 λεπτά.

Στο διάστημα αυτό σε αντικολλητικό τηγάνι βάζουμε 2 κουτ. ελαιόλαδο και σοτάρουμε τα κρεμμύδια για 5 λεπτά. Αποσύρουμε από την εστία.

Σε μια κατσαρόλα βάζουμε 500ml νερό και προσθέτουμε τις φακές και τα φύλλα δάφνης. Βράζουμε σε σιγανή φωτιά, με ξεσκέπαστη κατσαρόλα, για 20 λεπτά ελέγχουμε να έχουν μαλακώσει οι φακές. Αφαιρούμε τα φύλλα δάφνης.

Προσθέτουμε το 1/3 από τα σοταρισμένα κρεμμύδια και το ρύζι και συνεχίζουμε το βράσιμο ανακατεύοντας περιοδικά για 20 λεπτά. Ελέγχουμε να έχει βράσει το ρύζι και αν τυχόν χρειαστεί προσθέτουμε λίγο νερό. Θα πρέπει να πάρουμε ένα μείγμα χωρίς καθόλου υγρά.

Προσθέτουμε 2 κουταλιές ελαιόλαδο στο τηγάνι με τα υπόλοιπα κρεμμύδια και συνεχίζουμε το σοτάρισμα τους μέχρι να καραμελώσουν χωρίς να καούν. Στραγγίζουμε το ελαιόλαδο από το τηγάνι μέσα στο μείγμα με τις φακές και το ρύζι αλατοπιπερώνουμε και ανακατεύουμε καλά.

Αραδιάζουμε τις πιπεριές σε πιάτα και τις γεμίζουμε με το μείγμα φακές-ρύζι. Μοιράζουμε από πάνω τα καραμελωμένα κρεμμύδια λίγα φύλλα μαϊντανού και μπόλικο ξύσμα λεμονιού.

Σερβίρουμε συνοδεύοντας με μια σαλάτα και τζατζίκι.