Από το προηγούμενο βράδυ βάζουμε τα φασόλια να μουλιάσουν.

Καθαρίζουμε τα λαχανικά και τα χωρίζουμε στα δύο, τα μισά θα τα χρησιμοποιήσουμε στο βράσιμο των φασολιών και τα άλλα μισά τα ψιλοκόβουμε για τη συνέχεια του μαγειρέματος.

Σε κατσαρόλα μικρή βάζουμε τα φασόλια (αφού τα στραγγίσουμε από το νερό που μούλιασαν) μαζί με το μισό κρεμμύδι το ένα καρότο, ένα μέρος από το σέλερι τη μια σκελίδα σκόρδου και το φύλλο δάφνης. Προσθέτουμε νερό να τα σκεπάζει και φέρνουμε σε θερμοκρασία βρασμού. Ξαφρίζουμε αν χρειαστεί και σιγοβράζουμε μέχρι τα φασόλια να μαλακώσουν καλά (προσοχή να μην λιώσουν). Αφαιρούμε το φύλλο δάφνης και τα λαχανικά και στραγγίζουμε κρατώντας αν θέλουμε το ζουμί.

Σε γάστρα που μπαίνει και στο μάτι της κουζίνας βάζουμε το ελαιόλαδο και σοτάρουμε τα ψιλοκομμένα λαχανικά για 10 λεπτά περίπου ώσπου να μαλακώσουν.

Προσθέτουμε τις ροδέλες από το καλαμάρι τα και το θυμάρι συνεχίζοντας το σοτάρισμα για 5 λεπτά ακόμη.

Προσθέτουμε τα ντοματάκια και το ζωμό λαχανικών (ή το ζωμό που έβρασαν τα φασόλια με λίγο ακόμη νερό) και βράζουμε σε χαμηλή φωτιά μέχρι να μαλακώσουν καλά τα καλαμαράκια.

Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 200 βαθμούς και αέρα.

Προσθέτουμε στη γάστρα και τα φασόλια, νοστιμίζουμε με αλάτι και πιπέρι, ανακατεύουμε καλά και την τοποθετούμε στον προθερμασμένο φούρνο για 15 λεπτά, μέχρι να έχουμε μια πηχτή σάλτσα.

Βγάζουμε από το φούρνο και σερβίρουμε με μια σαλάτα εποχής. Προαιρετικά συνοδεύουμε με λεπτές φέτες ψωμιού που έχουμε αλείψει με ελαιόλαδο και καπνιστή πάπρικα αφού τις ψήσουμε ελαφρά στο ζεστό μας φούρνο.