Πλένουμε καλά τα λεμόνια και αφαιρούμε το σκληρό κομμάτι από τις δύο άκρες του. Κόβουμε εγκάρσια στη μέση αφαιρούμε τις ίνες και τα κουκούτσια και τα κρατάμε. Με πολύ κοφτερό μαχαίρι κόβουμε τα λεμόνια σε λεπτές φέτες.

Σε μια μουσελίνα βάζουμε τα κουκούτσια και τις ίνες και τα δένουμε με σπάγκο.

Σε ένα μπολ βάζουμε τα κομμένα λεμόνια τη μουσελίνα με τα κουκούτσια και το νερό. Σκεπάζουμε κι αφήνουμε ένα βράδυ.

Την επομένη μεταφέρουμε σε κατσαρόλα, αφήνουμε να πάρουν βράση, χαμηλώνουμε την ένταση της εστίας στο χαμηλό και βράζουμε με την κατσαρόλα σκεπασμένη για 50-60 λεπτά ανακατεύοντας περιοδικά. Θα πρέπει να μαλακώσουν καλά οι φλούδες των λεμονιών. Αφαιρούμε τη μουσελίνα από την κατσαρόλα.

Στο διάστημα αυτό καθαρίζουμε τις ντομάτες και αφαιρούμε τα πολλά σπόρια. Τις ψιλοκόβουμε και τις προσθέτουμε μαζί με τη ζάχαρη στην κατσαρόλα με τα βρασμένα λεμόνια.

Ανακατεύουμε καλά να λιώσει η ζάχαρη και βράζουμε σε μέτρια φωτιά μέχρι να μαλακώσουν οι ντομάτες. Αν θέλουμε σε αυτή τη φάση λιώνουμε με ραβδομπλέντερ αλλά όχι όλη την ποσότητα αφήνουμε κομμάτια λεμονιού και ντομάτας.

Μόλις η μαρμελάδα έχει πήξει προσθέτουμε το κρασί βράζουμε λίγο ακόμη ώστε να έχουμε μια καλά δεμένη μαρμελάδα.

Μοιράζουμε σε αποστειρωμένα βάζα κλείνουμε καλά και γυρίζουμε ανάποδα μέχρι να κρυώσουν.