Αναμειγνύουμε όλα τα υλικά της μαρινάδας σε ένα μικρό μπολ.
Τοποθετούμε σε ένα μπολ που κλείνει, τα φιλέτα του ψαριού και προσθέτουμε την μαρινάδα ώστε να τα καλύψει. Τοποθετούμε στο ψυγείο για 30 λεπτά τουλάχιστον. Σε ένα πυρέξ ή μικρό ταψί βάζουμε δυο κουταλιές ελαιόλαδο, τα κρεμμύδια, τις πιπεριές και τις ντομάτες, αλατοπιπερώνουμε και ανακατεύουμε ανακατεύουμε.
Βάζουμε από πάνω τα φιλέτα τους ψαριού, νοστιμίζουμε με αλάτι και πιπέρι και το υπόλοιπο ελαιόλαδο. Μοιράζουμε και τις ελιές σε όλο το ταψί.
Ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180 βαθμούς και αέρα στο μεσαίο ράφι του φούρνου για 25-30 λεπτά, ανάλογα με το φούρνο μας.Καλό είναι να σκεπάσουμε με αλουμινόχαρτο τα πρώτα 15 λεπτά, και να προσθέσουμε τις ελιές σε αυτό το στάδιο. Βγάζουμε από το φούρνο και αφήνουμε για 10 λεπτά πριν σερβίρουμε.
Σερβίρουμε αν θέλουμε με ένα μπασμάτι ατμού ή με πατάτες ή μόνο με κάποια σαλάτα.