Κόβουμε ένα μικρό κομμάτι (κάθετα) από το κρεμμύδι στην πλευρά του μίσχου.

Καθαρίζουμε το κρεμμύδι από τα εξωτερικά φύλλα και τη ρίζα του χωρίς να κόψουμε κομμάτι σε αυτό το σημείο. Κάνουμε την ίδια διαδικασία για όσα κρεμμύδια χρησιμοποιήσουμε.

Σε νερό που βράζει βάζουμε τα κρεμμύδια να βράσουν για 10 λεπτά. Στραγγίζουμε και ρίχνουμε κρύο νερό για να σταματήσει ο βρασμός. Αφήνουμε σε σουρωτήρι να κρυώσουν.

Μόλις κρυώσουν αφαιρούμε με τη βοήθεια ενός πιρουνιού τα εσωτερικά φύλλα του κρεμμυδιού αφήνοντας μόνο 2. Τα πιο μεγάλα μπορούμε να τα χρησιμοποιήσουμε ανά 2 για γέμισμα. Τα μικρότερα θα τα χρειαστούμε για τη γέμιση.

Στο διάστημα αυτό έχουμε βάλει τις φακές σε νερό που βράζει να βράσουν τόσο ώστε να μαλακώσουν όχι να είναι εντελώς βρασμένες. Ανάλογα με τις φακές περίπου 30 λεπτά. Τις στραγγίζουμε και αφήνουμε να μας περιμένουν.

Κόβουμε τα κρεμμύδια που αφαιρέσαμε σε μικρά κομμάτια. Σε τηγάνι βάζουμε 1 κουταλιά λάδι ανά κρεμμύδι που έχουμε βράσει. Τοποθετούμε στην εστία και μόλις ζεσταθεί σοτάρουμε τα κομμένα κρεμμύδια. Στη συνέχεια προσθέτουμε το ρύζι συνεχίζοντας το σοτάρισμα.

Μόλις το ρύζι αρχίζει να παίρνει χρώμα προσθέτουμε τα φύλλα από το σπανάκι κομμένα σε μεγάλα κομμάτια ανακατεύοντας μέχρι να μαραθεί.

Προσθέτουμε τις φακές τα μπαχαρικά και νοστιμίζουμε με αλάτι και πιπέρι. Ανακατεύουμε καλά και αποσύρουμε από την εστία.

Βάζουμε σε ένα πυρέξ ή σε γάστρα τα κρεμμύδια που έχουμε ετοιμάσει και με τη βοήθεια ενός μικρού κουταλιού τα γεμίζουμε μέχρι πάνω καλά καλά. Τα περιχύνουμε με μισή κουταλιά ελαιόλαδο το καθένα και προσθέτουμε λίγο νερό ίσα που να καλυφθεί ο πάτος από το πυρέξ. Σκεπάζουμε με αλουμινόχαρτο ή με το καπάκι σε περίπτωση που χρησιμοποιήσουμε γάστρα.

Τοποθετούμε το πυρέξ ή τη γάστρα σε καλά προθερμασμένο φούρνο στους 200 βαθμούς και αέρα στο κάτω ράφι του φούρνου και ψήνουμε για περίπου 40 λεπτά προσέχοντας να υπάρχει λίγο νερό στον πάτο του πυρέξ.

Βγάζουμε από το φούρνο και σερβίρουμε αμέσως.

Αν θέλετε την αρτύσιμη εκδοχή σερβίρετε με λίγη τριμμένη φέτα πάνω από τα γεμισμένα κρεμμύδια και μισό κουταλάκι στραγγιστό γιαούρτι πάνω από το καθένα.